El piloto del equipo Pramac, con su Ducati, había estado por debajo del 1m.31s., pero fue penalizado por haber pisado la zona verde, más allá del piano, en la última vuelta.
El australiano Jack Miller, quien pasó desde la Q1 con la Ducati oficial, terminó a solo 76 milésimas de Viñales, mientras que el francés Fabrio Quartararo, con la Yamaha satélite, finalizó a 145 milésimas.
El español Pol Espargaró (Yamaha), el italiano Bagnaia (Ducati) y el sudafricano Brad Binder (KTM) completaron las seis primeras posiciones.
Los italianos Valentino Rossi (Yamaña), Franco Morbidelli (Yamaha), ganador de la semana pasada, y Danilo Petrucci (Ducati) largarán desde la tercera fila.
El GP de Emilia-Romagna se pondrá en marcha este domingo desde las 9 de Argentina.
